Desarrolló su carrera siempre vinculado a la Facultad de Medicina, como parte del claustro del Departamento de Pediatría Norte del plantel, donde impulsó por muchos años las Jornadas de Investigación del Hospital Roberto del Río, vigentes hasta la actualidad. Junto al Prof. Dr. Patricio Herrera fue pionero en la enseñanza de la medicina basada en evidencias en esa unidad y, en ese sentido, estuvo a cargo de la asignatura Investigación para Médicos del Programa de Formación de Especialistas en Pediatría.
Fue miembro de numerosas sociedades, tales como la Chilena de Pediatría e Iberoamericana de Información Científica. Destaca su legado en el estudio y tratamiento de la diarrea en los niños y su texto Síndrome Diarreico Agudo del Lactante, publicado a fines de los años 70, es un referente hasta hoy y material de estudio para especialistas chilenos y latinoamericanos. En el ámbito de la administración universitaria, presidió la Comisión de Evaluación Académica de la Facultad de Medicina de la Universidad de Chile, contribuyendo al desarrollo en sus respectivas carreras al interior de nuestra casa de estudios de decenas de miembros del claustro institucional.
Desde noviembre de 2019, una de las salas del Hospital Roberto del Río lleva el nombre del doctor Gastón Duffau, gracias a un homenaje que le rindieron sus colegas, discípulos y amigos.
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